آیت‌الله العظمی سیستانی درگذشت دکتر احمد مهدوی دامغانی را تسلیت گفت. ایشان در پیام خود خطاب به خانواده دکتر مهدوی دامغانی نوشته است:«خبر ارتحال دانشمند فرزانه، ادیب عالیقدر آقای دکتر احمد مهدوی دامغانی(رضوان الله علیه) موجب بسی تأثر و تأسف گردید. فقدان آن بزرگوار که از کمالات علمی و فضائل اخلاقی شایسته‌ای برخوردار بودند و سالیان متمادی از عمر شریفشان را در تحقیق و تعلیم و تألیف سپری کرده بودند ضایعه‌ای غم‌انگیز است.» دکتر احمد مهدوی‌دامغانی ادیب و الهی‌دان ایرانی در 96 سالگی در آمریکا و دور از ایران چشم بر جهان فرو بست. دکتر دامغانی در ابتدای انقلاب به اتهام همکاری با رژیم پهلوی به زندان افتاد و در دادگاه با قضاوت محمدی‌گیلانی محاکمه شد زیرا جرمش این بود که سند ازدواج محمدرضا پهلوی و همسرش در محضر او تنظیم شده است. او نهایتا حکم برائت گرفت و بعد از آزادی از اوین از ایران خارج و به آمریکا رفت تا در دانشگاه‌های آمریکا در مقطع دکترا به تدریس بپردازد. خبر درگذشت او بازتاب‌های مختلفی داشت، از جمله آن‌که آیت‌الله سیدعلی سیستانی مرجع شیعیان عراق پیام تسلیتی خطاب به خانواده‌ دکتر مهدوی منتشر کردند. خانواده وی نیز اعلام کردند که پیکر دکتر از فیلادلفیای آمریکا مستقیم به مشهد خواهد آمد تا در این شهر به خاک سپرده شود. آیت‌الله سیستانی از همدرسان و دوستان قدیم دکتر مهدوی‌دامغانی در مشهد بود.  بزرگانی چون: مرحوم شیخ کاظم مدیر شانه‌چی، شیخ محمد واعظ‌زاده، پروفسور عبدالجواد فلاطوری، آیت‌الله خزعلی و آیت‌االله سیدجعفر از دیگر هم‌دوره‌ای‌های استاد مهدوی در حوزۀ علمیه مشهد بودند. دکتر مهدوی دامغانی در یادکرد از آیت‌الله العظمی سیستانی چنین می‌گوید:«از اوایل آشنایی و مرافقت با این مرد شریف و نجیب و عالم یعنی حضرت آیت‌الله العظمی سیستانی مدظله العالی، در جمیع مصاحبت‌ها و مباحثات، او را مصداق این شعر سعدی می‌دیدم: بالای سرش ز هوشمندی/ می‌تافت ستارۀ بلندی و بحمدالله هفت شهر عشق را گشته و اکنون مسند رفیع مرجعیت اعلای شیعه در نجف اشرف به وجود مقدس او مزین است.»  دکتر مهدوی دامغانی در کتاب «آیینه در برابر خورشید» دربارۀ هم‌درسی با آیت‌الله سیستانی می‌گوید:«حضرت آیت‌الله سیستانی هم معناً هزار بار از بنده بزرگ‌ترند؛ ولی به لحاظ سنی، من از ایشان اسنّ‌ام.
در سال ۱۳۲۳- درسی که سه نفر در آن شرکت می‌کردیم- خدمت حکیم فیلسوف، مرحوم آقای حاج شیخ سیف‌الله ایسی بود. (ایس در مقابل لیس است که فلاسفه به کار می‌برند؛ ایس یعنی وجود در مقابل لیس یعنی عدم.) خدمت ایشان، شرح منظومۀ حاج ملاهادی سبزواری را-که کتاب کلاسیک درسی فلسفۀ اسلامی مشائی است- می‌خواندیم. سه نفر بودیم: یکی حضرت آیت‌الله آقای سیستانی(به تعبیر آن وقت، علی آقای سیستانی)؛ گرچه بالای سرش ز هوشمندی، می‌تافت ستاره بلندی ... و از همان وقت، معلوم بود که نظر عنایت ولی‌عصر علیه السلام- الحمد الله- به او متوجه است. از همان وقت، معلوم بود که امام زمان سلام الله علیه به این جوان نظر دیگری دارد. خدا او را حفظ کند! دومین مرحوم آقا شیخ جعفر جوراب تخت‌باف(که بعدها، اسم [خانوادگی] زاهدی را برای خودش انتخاب کرد و لقب زین‌الدین را). خدایش رحمت کند! او استاد دانشگاه معقول و منقول مشهد شد و چند کتاب هم تألیف کرد. نفر سوم من روسیاه بودم. ما صبح هر روز، خدمت آقای ایسی در منزلش شرفیاب می‌شدیم و شرح منظومه را خدمت‌شان تلمذ می‌کردیم. من تا طبیعیات بودم. به نظرم حضرت آیت‌الله سیستانی و آقای زاهدی هم همین طور. بسیاری از مطالب طبیعیات با علوم فعلی منطبق نیست. این بود که مورد اعتنای استادمان هم قرار نمی‌گرفت. یک چند صفحه‌ای خواندیم. بعد دیگر استاد از تدریس منصرف شد. من این سعادت را داشتم که در این دو دوره با حضرت آیت‌الله آقای سیستانی مرجع اعلای شیعه، هم‌دوره و هم درس و هم مباحثه بودم. إن‌شاءالله تعالی عمرش دراز باشد! إن‌شاءالله بركات وجودش برای مسلمانان فراوان و مستدام بماند. در سفر گذشته، خودشان به این معنا اشاره کردند و در عالم دوستی قدیم، آن زمان را یاد فرمودند. من هم مثل هر مقلد دیگری، دست‌شان را بوسیدم و زانو زدم و برایم دعا کردند، خدا- إن‌شاءالله- دعاهای‌شان را دربارۀ من و شما قبول بفرماید!»